再来看看李秀成这边的情况，和洪秀全一起看完了吴超越那道恶毒到了极点的挑唆书信后，熟知洪秀全多疑性格的李秀成便知道再没有任何办法劝说洪秀全提前离开南京了，也明白肯定要和吴军主力在南京打一场战略决战了。虽然李秀成很清楚自己决战获胜的把握并不大，然而李秀成又不可能让军队和南京太平军坐以待毙，便也只能竭尽全力的准备迎接这场关乎太平天国前途命运的决战。
当然了，带着三十几万江浙太平军都消灭不了只有一万多人的吴军冯三保部，李秀成也不敢再梦想能够正面击败吴军增援，所以对于南京决战，李秀成只能是决定以坚守为主，利用有利地形和坚固工事挡住吴军的援军，熬到吴军久攻不克后自行撤退，也熬到雨花台上的冯三保粮尽突围，取得南京保卫战的胜利，然后再另做打算。
与麾下众将开会讨论敲定了这个战术方针后，李秀成立即着手布置防御计划，决定以现有营地为基础，围绕雨花台修筑十一座大型营城，深沟高垒把防御工事修到最坚固，配合以数十座小型坚垒和拦截壕沟，重重包围雨花台彻底切断吴军冯三保部与外部的联系，逼着吴军后军发起正面强攻，打开道路解救粮食弹药无法得到补给的吴军冯三保部。
除此之外，为了确保与江浙后方和江北友军的联络畅通，李秀成还十分重视对秣陵关和九洑洲这两处军事重地的保护，早早就安排了自己的亲弟弟李明成率军驻守秣陵关，防范吴军切断自己与江浙后方联系的陆上主动脉；又安排部将傅正纲率军两万北上九洑洲，帮助原先驻守九洑洲的敛天义梁凤超加强防御。同时又在九洑洲与长江北岸之间搭建起了十条浮桥，方便江浦和浦口的太平军随时南下增援九洑洲。
李秀成对九洑洲的防御问题虽然十分重视，然而智囊李书香却对李秀成的安排忧心忡忡，向李秀成警告道：“忠王千岁，九洑洲虽然是天京的北大门，是我们和江北天国军队联络的咽喉要地，但九洑洲毕竟只是一座江心岛，四面环水又地势不高，我们的驻军营地很容易遭到妖兵的水师火力覆盖，守起来十分吃力，在那里布置重兵不但过于浪费，还有可能被妖兵利用水师优势彻底困死在岛上，连撤退都难。我们在九洑洲布置那么多兵力，是不是太冒险和浪费了？”
“怕什么？”李秀成自信的说道：“九洑洲北面的水道又窄又浅（只有几十米宽），妖兵的火轮船开不进去，我们只要守住九洑洲连接北岸的五道浮桥，再在九洑洲岛上多修一些防炮工事，就是进可攻退可守，保证我们和江北联络畅通。”
“但如果妖兵水师派小船冲进九洑洲的北面水道捣毁浮桥怎么办？”李书香还是不肯放心，又说道：“还有，九洑洲的地势不高，长江涨大水的时候整座岛都会被淹，妖兵杀来的时候如果碰上了这情况，那我们在九洑洲上的驻军可就惨了。”
以前在南京的时候，李秀成确实看到过一次长江大水淹没九洑洲全岛的情况，所以听了李书香的警告后，李秀成难免有些犹豫和动摇，但细一盘算李秀成却又摇头说道：“不可能，现在夏天都已经快过去了，长江不可能再涨大水了，没必要担心这种天灾。九洑洲位置重要，既可以让我们和江北联络畅通，又可以用炮台封锁长江航道，替我们牵制妖兵水师，必须得驻扎重兵保护。”
“至于妖兵的小船问题，只要加强防御就行。”李秀成又说道：“妖兵的小船装不了多少人，我们只要守得严密，就可以让妖兵的小船来一条死一条。而且那边的水道又不宽，只要多准备些铁链小船，就算被妖兵的小船炸断了一两条浮桥，也可以马上重新搭起来，用不着担心。”
见李秀成的态度坚决，李书香也不敢再多说什么，只能是抬头去看天上的骄阳，暗道：“天父保佑，这段时间长江千万别涨大水啊否则我们就惨了。”
事实证明李书香确实是在白担心，接下来的几天时间里，南京一带的天气不但一直保持晴好，长江的水位也始终没有大的变化，人力充足的江浙太平军也乘着这样的好天气，迅速修筑起了李秀成所要求的坚固工事，挖掘了四道又深又宽的壕沟重重包围雨花台。而更让李秀成欢喜的是，他的江浙后方还在这个期间给南京战场送来了大批的粮草弹药，补充给了此前在雨花台大战中弹药消耗巨大的江浙太平军，也让李秀成放下了心头大石，不再担心与吴军后援决战时的弹药问题。
在地下战场上，太平军的谍报工作也做得十分出色，潜伏在芜湖一带的太平军细作几乎是每日一报吴军曹炎忠兵团的情况，让李秀成可以基本掌握吴军曹炎忠兵团的大体动向，甚至就连曹炎忠兵团已经开始准备出发东进的重要情报，也被太平军的细作抢先一步送到了李秀成的面前，让李秀成有了充足的应对时间。